Como parte de la formación integral que ofrece el Colegio Fontanar tenemos la parte espiritual, la cual ha sido confiada a la Prelatura del Opus Dei. Quien además de dar el apoyo doctrinal religioso nos brinda la atención sacerdotal para todas nuestras alumnas, maestras y padres de familia que así lo soliciten.
En el colegio se celebra la Santa misa cuatro días por semana y los viernes primeros está abierta a las familias de nuestras alumnas.
Como parte de esta formación también se prepara a las alumnas de elementary para recibir los sacramentos de la Penitencia, Confirmación, y Eucaristía.